Prej themelimit më 14 qershor 1999 në përmbushje të misionit të saj, Qendra Europiane ka bashkëpunuar me organizata ndërkombëtare, ambasada të vendeve të ndryshme, institucione shtetërore dhe universitete. Partnerët dhe bashkëpunëtorët tanë janë një mbështetje tepër e çmuar në punën e përditshme të Qendrës, pa të cilët puna jonë për të drejtat e njeriut dhe integrimin evropian do të ishte e pamundur.
Organizata Ndërkombëtare dhe Ambasada:
Delegacioni i Komisionit Evropian në Shqipëri
Ambasada e Mbretërisë së Holandës
Prezenca e OSBE-së në Shqipëri
Ambasada Britanike në Shqipëri
Fondacioni Shoqëria e Hapur për Shqipërinë
Civil Rights Defenders Albania
Fondacioni Konrad Adenauer Shqipëri
Fondacioni Konrad Adenauer, Programi i Shtetit të së Drejtës për Evropën Juglindore
CFLI
Partnerë strategjikë:
Ministria e Integrimit Evropian
Unioni i Gjyqtarëve të Shqipërisë
Shkolla e Magjistraturës e Republikës së Shqipërisë
Universitete:
Fakulteti i Drejtësisë – Universiteti i Tiranës
Universiteti Europian i Tiranës
Universiteti i New York-ut në Tiranë
Universiteti Hëna e Plotë- Bedër
Universiteti i Shkodrës “Luigj Gurakuqi”
Universiteti i Korçës “Fan S. Noli”
Universiteti i Vlorës “Ismail Qemali”
Universieti i Durrësit “Aleksandër Moisiu”
Bashkëpunëtorë të tjerë: